Satu hal unik dari film ini adalah judulnya Ninja yang merupakan salah satu ikon negara Jepang, tetapi peran utamanya dimainkan oleh seorang artis Pop Korea. Namun saat anda menonton, dalam pemutarannya Anda akan mengerti dan maklum dengan pemilihan seorang artis k-pop korea sebagai pemain utamanya. Plot cerita maju dengan banyak flashback pada masa lalu Raizo (Rain) dimana saat kecil ia dibawa (setelah diculik) ke sebuah perguruan Ninja yang konon telah berumur 1000 tahun. Di perguruan tersebut dia mempelajari semua teknik beladiri ninja yang melegenda. Di perguruan ini dia mengenal seorang gadis kecil yang senasib dengannya. Kerasnya pendidikan di perguruan tersebut membuat hampir semua anak-anak calon ninja kehilangan kemanusiaannya. Namun tidak demikian dengan gadis kecil teman Raizo yang meskipun sejak kecil telah bersama-sama Raizo di perguruan tersebut, dia tetap memiliki hati. Karena tidak tahan dengan kekerasan, gadis itu memutuskan pergi (kabur). Tentu tidak sulit bag...